Agencija za kmetijske trge in razvoj podeželja intenzivno izvaja kontrolne preglede na kraju samem za ukrepe skupne kmetijske politike. Onemogočanje kontrole lahko privede do zavrnitve zahtevka Predvsem v poletnem času se koncentracija kontrolnih pregledov na kraju samem, ki so namenjeni preverjanju izpolnjevanja zahtev in pogojev, vezanih na zahtevke iz zbirne vloge, poveča, saj se v tem času na kmetijskih gospodarstvih odvija največ aktivnosti, ki so povezane s podporami za te ukrepe. Kontrole izvajajo usposobljeni kontrolorji, ki so po Zakonu o splošnem upravnem postopku uradne osebe in imajo pooblastilo za opravljanje posameznih dejanj v postopku kontrole. Ob koncu kontrole kontrolor sestavi zapisnik o kontrolnem pregledu, v katerega navede pregledane vsebine ter popiše morebitna ugotovljena odstopanja. Agencija vlagatelje opozarja, da vsakršno neprimerno obnašanje, preprečevanje dostopa do površin in prostorov z živalmi, nezagotavljanje pregleda zahtevene dokumentacije oziroma izvajanje pritiskov nad kontrolorjem z željo po vplivu na rezultate izvedenih kontrol lahko privede do prekinitve kontrolnega postopka in posledično do neizvedene kontrole. V opisanih primerih se vlagatelju (nosilcu kmetijskega gospodarstva) plačilo zahtevkov iz zbirne vloge ne odobri.